A Associação de Estudantes foi criada em 1979/80, com o objetivo de se estabelecer uma unidade que zelasse pelos interesses e direitos dos estudantes, que lhes providenciasse informação, cultura, desporto e lazer...

Ficaram para a história acontecimentos como o “Dia do Gás”, conhecido por esta designação por os estudantes da altura terem sido expulsos do Governo Civil com gás lacrimogéneo. Corria então o ano de 1988, dia do Estudante a 24 de março, e lutava-se contra a integração do Instituto Superior de Engenharia no Politécnico de Coimbra.

Posteriormente, a AE ISEC esteve também no pelotão da frente da reivindicação da autonomia dos estabelecimentos do Ensino Superior Politécnico, que culminou na Lei 54/90, de 5 de setembro assim como na reivindicação da Lei 73/73 que estabelecia a qualificação profissional exigível aos técnicos responsáveis pela elaboração e subscrição de projetos relativos a operações e obras.

A AEISEC é membro fundador da Federação Nacional das Associações de Estudantes do Ensino Superior Politécnico (FNAEESP), federação que possui a sua sede no ISEC, na qual tem sido sempre um ativo interveniente.

É igualmente membro fundador do Fórum Académico para a Informação e Representação Externa (FAIRe), federação representativa dos estudantes portugueses na European Students Union.